Yoghurt er ikke bare et velkjent og viktig næringsmiddel i store deler av verden i dag, den har også en lang og spennende historie. Diverse historiske spor antyder at det allerede ble spist yoghurt i Midt-Østen så tidlig som for 7 000 år siden, og da helst i selve sivilisasjonens vugge: Mesopotamia i dagens Irak. Med andre ord kan man si at yoghurt og sivilisasjon har gått hånd i hånd gjennom århundrene. I noen tradisjoner hevdes det til og med at Abrahams lange liv og unaturlige fruktbarhet hang sammen med et kosthold der yoghurt sto sentralt.
Nå i dag forbinder man kanskje helst yoghurt med land som Hellas og Tyrkia, og det er ikke på noen måte tilfeldig. I antikkens Hellas var det et kjent meieriprodukt som de kalte for oxygala, som de fleste historikere i dag mener må ha vært en slags yoghurt som ble spist med tilsetning av honning. Likevel anså grekerne dette først og fremst som en barbarisk skikk, kanskje noe de for eksempel forbandt med tyrkiske folkeslag. Fra høymiddelalderen kjenner man i hvert fall tyrkiske kilder som omtaler yoghurt, og det er nettopp fra det tyrkiske ordet yoğurt man har fått ordet som brukes i norsk og de fleste andre språk.
På 1500-tallet ser det ut til at yoghurt hadde kommet i bruk gjennom deler av både Europa og Asia. Rapporter om yoghurt som benyttes i de fineste retter, sammen med sennepsfrø og kanel, finner man for eksempel fra mogulherskernes hoff i India. I samme århundre påstås det også at Suleiman den magnifikke, også kjent som Suleiman Lovgiveren, den største av alle tyrkiske sultaner, sendte yoghurt for å kurere en franske konges diaré. Dette kan ha vært inngangsporten til mer alminnelig bruk av yoghurt også i det europeiske kjøkken.
Likevel var det lenge først og fremst på Balkan, i Kaukasus og Anatolia, og ellers i fjellendte strøk i Øst-Europa, Midt-Østen og India at yoghurt var i mest utstrakt bruk. Tidlig på 1900-tallet startet mer avanserte vitenskapelige undersøkelser av yoghurt og hvordan bakterier kan gjøre melk tykk og syrlig. Nobelvinneren Ilya Metsjnkov påsto til og med å ha vitenskapelig belegg for at yoghurt var årsaken til den bulgarske bondens uvanlig høye levealder. Han jobbet derfor hardt for å øke forbruket av yoghurt også ellers i Europa. Ideen ble tatt opp for alvor av Isaac Carasso, som industrialiserte yoghurtproduksjonen gjennom sitt selskap Danone, etablert i 1919. Å fylle på med syltetøy i det ferdige produktet var en senere oppfinnelse, fra Tsjekkoslovakia på 1930-tallet. Det ble til og med solgt yoghurtpiller for å motvirke fordøyelsesproblemer, særlig i USA.
Noen av de mest optimistiske slutningene om yoghurtens helsebringende effekter har vist seg å være feil, men det er likevel en sunn og god del av et moderne kosthold.